si el semáforo esta en verde pero hay una señal de stop, imagino que se hace caso al semáforo que tiene preferencia ante la señal vertical, pero entonces, ¿para qué sirve ese stop?

Por si se estropea el semaforo y no funciona, tendras que obededer el stop.

Si hay una señal de STOP delante de un semáforo y éste esta en amarillo intermitente, se debe obedecer la señal de STOP parando, y pasando con precaución después de ceder el paso a los vehículos que circulen por la calzada transversal.

Sigue teniendo preferencia el semáforo, por tanto extremar precaución.